Guia de Microbiologia Clínica: Marcadors Fenotípics, Tècniques Moleculars i Patògens Nosocomials

Marcadors fenotípics i tècniques de comparació de genomes

Marcadors fenotípics:

• Biotip (BQ)
• Serotip (antígens)
• Fagotip (lisi bacteriana per diferents fags)
• Antibiotip (sensibilitat antibiòtica)
• MLEE (isoenzims)

Tècniques per comparar genomes:

• Restricció/hibridació: RFLP o ribotipat
• Anàlisi de l'ADN ribosòmic: PFGE
• Anàlisi de l'ADN amplificat: PCR
• Anàlisi de l'ADN per seqüenciació: MLST o SBT

Bacteris nosocomials

• Enterobacteris: productors de carbapenemases
• Staphylococcus aureus: resistent a meticil·lina (SARM)
• Klebsiella pneumoniae: resistent a beta-lactàmics
• Acinetobacter baumannii: multirresistent
• Pseudomonas aeruginosa: resistent a carbapenems i beta-lactàmics
• Enterococcus sp.: resistent a glucopèptids (vancomicina)

Virus i fongs nosocomials

Virus nosocomials: hepatitis B i C, VRS, rotavirus, enterovirus, citomegalovirus, VIH i virus de la influença.

Fongs nosocomials: Candida, Aspergillus i Cryptococcus neoformans.

Infeccions del tracte urinari (ITU)

Freqüents: E. coli, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus saprophyticus.

Freqüents amb predisposició: enterobacteris, bacils gram negatius no fermentadors, Enterococcus faecalis, Staphylococcus epidermidis i Candida.

Símptomes:

• Uretritis: piúria, bacteriúria, polaquiúria
• Cistitis: piúria, bacteriúria, polaquiúria, disúria i tenesme
• Pielonefritis: símptomes anteriors, febre i dolor lumbar

Cultius normals i vigilància:

• Recompte: sang/CLED (blau: lactosa negatiu; groc: lactosa positiu)
• Aïllament: McConkey/EMB/CNA + 5% sang

Cultius especials:

• Recompte: sang
• Aïllament: xocolata/McConkey (vermell: lactosa positiu; medi: lactosa negatiu)

Microbiologia de les infeccions gastrointestinals (coprocultiu)

Infeccions invasives (Salmonella, Campylobacter, Shigella, E. coli enteroinvasiu, Yersinia, Inva): envaeixen la mucosa intestinal i produeixen diarrea, dolor abdominal i febre.

Enterotoxines (Vibrio cholerae, E. coli enterotoxigènica): diarrea líquida sense febre.

Toxines preformades (neurotoxines, S. aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens): intoxicacions alimentàries amb diarrea lleu, vòmits i nàusees.

Citotoxines (Clostridioides difficile): diarrees sanguinolentes en hospitals.

Salmonella

Medi XLD: colònies rosades amb punt negre. McConkey: incolora o blanca.

Proves bioquímiques: Kligler, indol negatiu, gram negatiu, oxidasa negativa, gas negatiu, H₂S positiu, lactosa negativa, glucosa positiva, LDC positiu.

Shigella

Toxina Shiga, llarga incubació. Transmissió per aliments, aigua contaminada i fomes. Causa disenteria bacil·lar.

Proves bioquímiques: totes negatives, excepte la fermentació de la glucosa.

Yersinia

Serotips O3, O8 i O9. Causa gastroenteritis o limfadenitis mesentèrica. Associada a aliments refrigerats i carn de porc.

Aïllament: McConkey i SS, lactosa negativa. Medi selectiu: agar CIN, colònies petites amb punt vermell al centre.

Proves bioquímiques: mòbil a 25 °C i immòbil a 37 °C.

Campylobacter

Transmissió per carn d'au, bestiar i aigua. Microaerofílic i termòfil (creixement a més de 42 °C).

Medis: Skirrow (amb sang, colònies rosades pàl·lides, convexes, llises i brillants); CCDA (sense sang).

Proves bioquímiques: morfologia en tirabuixó, gram negatiu, oxidasa positiva, reducció de nitrats positiva, hidròlisi de l'hipurat positiva (C. jejuni).

Rotavirus, còlera i toxiinfeccions

Rotavirus: ARN de doble cadena (dsRNA), 11 segments, càpside icosaèdrica doble sense envolupa.

Còlera: dosi infectiva de 10⁸ bacteris; sensible a pH àcid. Els serotips O1 i O139 produeixen la toxina CT, que augmenta l'AMPc i provoca una diarrea aquosa abundant ("aigua d'arròs"). Els serotips O1 i O139 no toxigènics causen gastroenteritis.

Medi TCBA: a les 8-10 h, colònies de 2-3 mm, de color groc i mucoses.

Característiques bioquímiques: gram negatiu, oxidasa positiva, anaerobi facultatiu, ferments de sucres, tolerància baixa a la sal, creixement a pH bàsic (7-10), producció de lecitinasa, amilasa, lipasa i metabòlics.

Staphylococcus aureus

Medi MSA: fermenta el manitol (Baird-Parker). Aerobiosi a 37 °C durant 24 h.

Detecció de enterotoxines: EIA en aliments, a partir de 10⁶ cèl·lules/g d'aliment.

Proves bioquímiques: coc gram positiu, catalasa positiva, DNasa positiva, oxidació-fermentació (OF) positiva, coagulasa positiva.

Infeccions sistèmiques

Bacteris primaris: Salmonella entèrica, Brucella, Enterococcus, Streptococcus viridans, Neisseria meningitidis, Streptococcus tuberculosis, Yersinia i Borrelia.

Detecció automàtica del creixement:

• BacT/Alert: detecta CO₂ i mesura el color cada 10 min
• BACTEC 9240: detecta CO₂ i mesura la fluorescència cada 10 min
• Sistema ESP: sonda que detecta canvis de pressió; lectura cada 12-24 min amb rotació
• VITAL: indicador fluorescent que es llegeix cada 15 min

Infeccions respiratòries

• Refredat comú: rinovirus, coronavirus i adenovirus
• Faringitis i faringoamigdalitis: Streptococcus pyogenes i Streptococcus del grup C i G
• Laringitis i laringotraqueïtis: virus respiratoris i bacteris (Corynebacterium, Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae i Chlamydia trachomatis)
• Epiglotitis: Haemophilus influenzae i virus
• Sinusitis: estreptococs, Haemophilus i anaerobis
• Otitis mitjana: Streptococcus pneumoniae i Haemophilus influenzae
• Otitis externa: Pseudomonas aeruginosa (oportunista), Staphylococcus aureus i estreptococs gram negatius
• Conjuntivitis: adenovirus, enterobacteris, Streptococcus pneumoniae i Haemophilus influenzae